La eficacia o el rendimiento de la vacuna depende de varios factores:
- la enfermedad en sí (para algunas enfermedades, la vacunación funciona mejor que para otras)
- la cepa de la vacuna (algunas vacunas son específicas o, al menos, más eficaces contra cepas particulares de la enfermedad)
- si el calendario de vacunación se ha observado correctamente.
- respuesta idiosincrásica a la vacunación; algunos individuos no responden a ciertas vacunas, lo que significa que no generan anticuerpos incluso después de haber sido vacunados correctamente.
- Factores variados como el origen étnico, la edad o la predisposición genética.

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